Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi Nanggroe Aceh Darussalam dan Kepulauan Nias Sumatera Utara (BRR NAD-Nias) merupakan salah satu objek pemeriksaan BPK Perwakilan Provinsi Sumatera Utara, karena pada saat itu BPK Perwakilan Provinsi Aceh belum terbentuk. BPK Perwakilan Provinsi Aceh pada awalnya merupakan salah satu Sub Auditorat di bawah lingkup kerja BPK Perwakilan I di Medan yang memfokuskan pemeriksaan pengelolaan dana BRR NAD-Nias. Ketika BRR NAD- Nias dilikuidasi pada tahun 2009, Sub Auditorat Khusus BRR NAD-Nias pun dibubarkan. Namun seluruh dokumen yang berhubungan dengan pemeriksaan seperti laporan hasil pemeriksaan, kertas kerja pemeriksaan dan dokumen lainnya dipindahkan ke Aceh. Berdasarkan Surat Keputusan BPK Nomor 23/SK/I.VIII.3/6/2006 Tanggal 7 Juni 2006 diresmikan Perwakilan IX BPK RI di Banda Aceh oleh Ketua BPK RI, Bapak Anwar Nasution. Pada awal pembentukannya, Kantor Perwakilan IX BPK RI di Banda Aceh menempati sebuah rumah d Jalan T. Daud Beureueh Nomor 145, Banda Aceh. Untuk kegiatan operasional selanjutnya, Kantor Perwakilan IX BPK RI di Banda Aceh menempati dua gedung kantor yaitu Kantor Sekretariat Perwakilan di Jalan T. Daud Beureueh dan Kantor Sub Auditorat di Mess Perwakilan Jalan AMD Batoh, Banda Aceh. Sejalan dengan perkembangan organisasi BPK, nama perwakilan Aceh telah mengalami 5 (lima) kali perubahan. Yang terakhir sesuai dengan Keputusan BPK RI Nomor 3/K/I-XIII.2/7/2014 Tanggal 10 Juli 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan yaitu BPK Perwakilan Provinsi Aceh.