Konsulat Jenderal Jepang pertama kali didirikan di Surabaya pada 13 Maret 1920 saat kota tersebut berada di bawah kekuasaan Hindia Belanda. Pada tanggal 8 Desember 1941, Kekaisaran Jepang mulai mendarat di Semenanjung Malaya di Malaya Britania dan menyergap Hawaii di Amerika Serikat, serta menyatakan perang terhadap Amerika Serikat dan Inggris. Pada tanggal 8 Desember 1941, Belanda menyatakan perang terhadap Kekaisaran Jepang dan menutup Konsulat Kekaisaran Jepang di Batavia, Konsulat Kekaisaran Jepang di Surabaya, dan Konsulat Kekaisaran Jepang di Medan sekaligus di Hindia Belanda.